مجموعه موقوفات آستان قدس به 2 بخش اموال منقول و غیرمنقول تقسیم می‌شود. اموال منقول شامل قرآنها، کتب خطی، جواهرات، اشیای نفیس، ظروف، پارچه‌ها، تابلوها و امثال آنها که بیشتر در موزه‌ها و خزانه آستان قدس نگهداری می‌شوند. اموال غیرمنقول شامل املاک، اراضی، کشتزارها، باغها، نهرها، ابنیه و عمارات هستند که هر کدام طبق مقررات خاص خودشان اداره می‌شوند. اسناد تمامی این موقوفات در مخزن اسناد و کتب خطی آستان قدس رضوی به شیوه‌های علمی و شایسته‌ای نگهداری می‌شوند.
علی قلیخان مشهور به علیشاه یا عادلشاه والی خراسان که برادرزاده نادرشاه افشار بود، دستور داد تا از روی اسناد و دفاتر باقی‌مانده از زمان نادرشاه، تمامی موقوفات در طوماری ثبت و نگهداری شود، این طومار که به طومار علیشاهی معروف است شامل صورت موقوفات، موارد مصرف آنها و نام واقفین است. طومار معتبر دیگری به نام طومار عضدالملک وجود دارد که در دوره ناصرالدین شاه قاجار ثبت و تنظیم شده و به مهر و امضای عده‌ای از علمای اسلامی هم رسیده است.

تاریخچه موقوفات آستان قدس رضوی
تردید نداریم که موقوفات مربوط به آستان قدس رضوی بزرگترین موقوفه جهان است و در بین بقیه ملتها و مذاهب چنین مؤسسه و بنیاد فرهنگی و مذهبی با این عظمت و گستردگی وجود ندارد. به درستی معلوم نیست که تاریخچه وقف بر این آستان به چه زمانی برمی‌گردد، علتش هم این است که بسیاری از مستندات و مدارک وقفی در طی قرنهای متمادی، در جریان شورشها، تجارتها و حوادث مختلف از بین رفته است، بخصوص در زمان حمله و تهاجم اقوام ستیزه‌جویی مثل ازبکها، افغانها و ترکمنان به مشهد مقدس و اماکن متبرکه.
اما قدیمی‌ترین سند تاریخی که می‌توان در این زمینه نام برد، مربوط به قرآن ابوالقاسم محمد بن کثیر است. این قرآن در ربیع‌الاول سال 393، وقف آستان مقدس رضوی شده و در حال حاضر در گنجینه قرآن آستان قدس نگهداری می‌شود. این نمونه نشان می‌دهد که در آن زمان حرم مطهر دارای رونق و شکلی از نظام اداری بوده است.

موقوفه خاص کوک سازی و صدا پردازی ساعت حرم مطهر رضوی
یکی از زیباترین و باشکوه‌ترین اماکن متبرکه بارگاه منور رضوی صحن انقلاب اسلامی است که در این صحن چهار ایوان به نامهای؛ «ایوان عباسی»، «ایوان طلا»، «ایوان نقاره» و«ایوان ساعت» وجود دارد. در ایوان ساعت،‌ ساعت بزرگی قرارداده شده و اطراف آن نیز با بهترین مصالح هنر معماری آراسته شده است که این ایوان با گذشته چند قرن هنوز هم استوار و پابرجاست.
این ساعت به صورت سه سیستم مجزا دستگاه کوک ساعت، دستگاه زنگ ربع زن و دستگاه زنگ ساعت زن با آهنگی دیگر که به وسیله سیم بکسل کوک می‌شود، طراحی شده است. این ساعت با الکترو موتور به صورت خودکار روزی دو بار کوک می‌شود و در زمان خاموشی برق تا 24 ‏ساعت به طور خودکار نیز کوک دارد. در هنگام بی برقی ممتد، می‌توان آن را به وسیله هندل دستی کوک کرد.
از نکات بسیار ظریفی که از نگاه تیزبین واقفین خیراندیش و نیکوکار پنهان نمانده، موقوفه‌ای جهت مواجب کوک سازی و صدا پردازی ساعت بارگاه ملکوتی حضرت رضا(ع) است تا زائران آن حضرت از برکات و فضایل اوّل وقت نمازهای یومیه بهره‌مند شوند.
میرزا سعدالدین محمّد وزیر در سال 1093 هجری قمری با دو رقبه وقف شامل هفت قطعه باغ و محوطه و عمارات در مزرعه طرق و نه قطعه باغ و محوطه و عمارات در مزرعه گودسلوک را برای کوک‌سازی و صداسازی ساعت حرم مطهر رضوی وقف کرده است.

گذری بر موقوفات مهمانسرا
شواهد نشان می‌دهد که موضوع پذیرایی زائران حضرت رضا(ع) در مهمانسرای حضرت، قبل از قرن نهم هجری معمول بوده است، ولی مأخذ و مدارک به دست آمده نشانگر این است که از اوایل دوره‌ صفویه به بعد، این امر رواج یافته است.
هزینه‌های مهمانسرای حضرت از محل عواید موقوفات و نذور مربوطه تأمین می‌شود و هم‌اکنون روزانه بیش از 5 هزار نفر زائر و خادم در مهمانسرای حضرت پذیرایی می‌شوند.
علاوه بر پذیرایی روزانه، برنامه‌های دیگری بر اساس نیات واقفین و اجرای مفاد وقف نامه‌ها، در طول سال به مناسبتهای مختلف به اجرا در می‌آید که از جمله آن می‌توان به پذیرایی از یک هزار طلبه در سالروز ولادت حضرت علی(ع)، پذیرایی از مدعوین در سالروز میلاد امام حسین(ع)، پذیرایی از هزاران نفر در سال‌روز میلاد امام رضا(ع) و پذیرایی در روز میلاد امام زمان(عج) و پذیرایی از زوار و کارکنان آستان قدس رضوی در شبهای روضه‌خوانی و شهادت امام رضا(ع) اشاره کرد.
گستره جغرافیایی موقوفاتی که برای مهمانسرای حضرت رضا(ع) وقف شده است شامل مشهد، چناران، گرگان، بابل، یزد، خوی، تربت حیدریه، کاشمر، جاغرق، قوچان، نیشابور و اردبیل است که بیش‌ترین این موقوفات در شهرستان مشهد و چناران است.قدیمی‌ترین و بزرگ‌ترین موقوفه‌ای که ویژه مهمانسرای حضرت رضا(ع) وقف شده مربوط به وقف نامه مرحوم «عتیقی» در سال 931 هجری قدیمی است که در فهرست موقوفات ثبتی آستان قدس رضوی این موقوفه از قدیمی‌ترین موقوفه‌هاست.
سه رقبه موقوفه‌ای که برای مصارف مهمانسرا وقف حضرت رضا(ع) شده است، در سالهای بعد از پیروزی شکوهمند انقلاب اسلامی است، که آخرین وقفنامه مربوط به سال 1382 هجری شمسی است.
در بین واقفان نیکوکاری که برای مهمانسرا وقف حضرت رضا(ع) شده است، نام چهار واقف زن(قمرنساء خانم دختر میرزا بدیع، رقیه بیگم دختر میرزا عزیز ا... فندرسکی، بی‌بی مرضیه خانم ملقّب به صدرالحاجیه و بانو کوچک آغا صنعی) به چشم می خورد.

روشنایی حرم مطهر رضوی
روشنایی بارگاه منور حضرت رضا(ع) از گذشته‌های دور مورد توجه زائران و ارادتمندان به حضرت بوده و در تعداد زیادی از وقفنامه‌ها عواید رقباتی از موقوفات آستان قدس رضوی برای روشنایی حرم و سایر اماکن متبرکه تعیین شده است.
در قرنهای گذشته بخشی از روشنایی حرم از طریق غرفه‌های کوچک بالای صفه‌ها تأمین می‌شد و قسمتی هم با افروختن شمع فضای حرم را روشن می‌کرد.
بعدها با مرور زمان روشن کردن شمع در حرم و رواقها توسط زائران به عنوان ادای نذر انجام می‌گرفت. پس از مدتی برای تأمین روشنایی حرم مطهر رضوی از چراغهای پیه‌سوز و شمعدان‌های نقره یک شاخه و چند شاخه استفاده می‌شد.
با گذشت زمان، برای نورآرایی حرم مطهر از انواع چرا‌غهای بلوری و فلزی، دیواری و گردسوز استفاده می‌شد.
در دوره‌های بعد با ورود چراغ برق به مشهد، وسایل روشنایی قدیمی و گذشته به موزه انتقال یافت و جزء اشیای عتیقه درآمد.

232رقبه موقوفاتی خاص روشنایی
در اعصار و قرون مختلف 232 رقبه مختص سوخت و روشنایی حرم مطهر امام رضا(ع) وقف آستان قدس رضوی شده است.
174 نفر از واقفان آستان قدس رضوی در اعصار مختلف بخشی از اموال خود را به سوخت و روشنایی حرم مطهر رضوی وقف نموده‌اند. انواع مزارع، قنات، باغ، زمین، کاروان‌سرا، آب، منزل و دکان برخی از موارد وقفی این سر فصل موقوفاتی آستان قدس رضوی است.
14 کشیک شبانه‌روزی برای روشنایی حرم مطهر رضوی
در حال حاضر حدود 600 خدمتگزار در 14 کشیک به‌طور شبانه‌روزی در امور روشنایی، تنظیف چراغها، لوسترها و آینه‌کاری‌ها و نورافشانی‌ فعالیت می‌کنند.
روشنایی تمامی شبستان‌ها، رواقها، اماکن متبرکه، سازمان مرکزی، موزه، کتابخانه و مساجد وابسته در مشهد نیز از عمده فعالیتهای اداره روشنایی آستان قدس رضوی به شمار می‌رود.

موقوفات فرش
در حرم مطهر رضوی بعد از هنر معماری و آیینه‌کاری، فرشهای این بارگاه ملکوتی چشم هر زائر و مجاوری را به خود جلب می‌کند.
در حال حاضر پنجه‌های هنرمند 3 هزار قالیباف، فرشهای حرم رضوی را تأمین می‌کند و آستان قدس رضوی با تولید سالانه 5 هزار مترمربع از بزرگ‌ترین تولیدکنندگان فرش دستباف در ایران می‌باشد.
با نگاهی به اسناد و رقبات وقفی آستان قدس رضوی دیده می‌شود که برخی از واقفان بخشی از مایملک و اموال خود را برای تأمین فرش بارگاه منور رضوی وقف کرده‌اند.
«خواجه علاءالدین حاجی» اولین واقفی است که در سال 933 هجری قمری مزرعه‌ای را در شهرستان تربت حیدریه برای تأمین فرش حرم مطهر رضوی وقف بر آستان حضرت رضا(ع) کرد.
گستردگی موقوفاتی که خیراندیشان برای تأمین فرش بارگاه منور رضوی وقف کردند، در شهرهای ساری، نیشابور، چناران، مشهد، قزوین وکرمان پراکنده شده است که سه موقوفه آن در شهرستان قزوین است.
در بعضی ایام به مناسبتهای خاص همچون عید نوروز، لیالی قدر، نماز عید فطر و همچنین دعای عرفه در حدود 20 هزار متر مربع از خیابان‌های اطراف مشرف به حرم برای رفاه حال زائرین فرش می‌شود.
گفتنی است در حال حاضر با توجه به توسعه رواقها و صحنهای حرم مطهر رضوی، علاوه بر مفروش بودن دایم حدود 64 هزار مترمربع رواق با فرشهای دستباف و نفیس، همه روزه به منظور برپایی نماز جماعت تا 300 هزار مترمربع فرش ماشینی در صحنهای حرم مطهر پهن می‌شود.